Perpustakaan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta didirikan seiring berdirinya Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta berdasarkan Surat Keputusan Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Nomor 046 ditetapkan pada tanggal 22 Mei Tahun 2004 tentang Pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Pada tahun 2004 tersebut, Dekan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehantan UIN Jakarta Prof. Dr(hc). dr. M.K. Tadjudin, Sp.And menunjuk 3 orang dosen Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan yakni Endang Pujiyati, S.Si, Alfiah S.Ag, M.Ag, dan Drs. Zamzami Kiram untuk mengelola perpustakaan FKIK (2004 s.d 2005). Pada tahun 2004 s.d 2005 tersebut perpustakaan FKIK baru memiliki koleksi bahan pustaka sebanyak 800 judul buku dengan 1600 eksemplar.
Pada tanggal 19 desember 2005 berdasarkan Surat Tugas Nomor Un.01/F10/Kp.01.4/320/2005 Dekan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menugaskan Amrullah Hasbana, SS, MA sebagai Kepala Urusan Perpustakaan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan Dra. Ida darawati sebagai anggota (pustakawan fungsional bidang pengolahan), dan Lolytasari, S.Ag., M. Si sebagai anggota (non fungsional bidang pelayanan).
Pada tanggal 23 Februari 2015 berdasarkan Keputusan Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Nomor: 117 Tahun 2015, Tentang Mutasi Kepala Laboratorium/Kepala Urusan Perpustakaan Fakultas Di Lingkungan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mengangkat Heru Widodo, S.IP sebagai Kepala Urusan Perpustakaan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan Budi Prasetyo sebagai anggota (fungsional bidang Pengolahan), Imas Fatonah sebagai anggota (fungsional bidang Sirkulasi) dan Reza Alamsyah sebagai anggota (non fungsional bidang IT).
Info lengkap tentang Perpustakaan FKIK UIN Jakarta bisa di cek disini