Pimpinan Fakultas adalah Dekan dan para Wakil Dekan, bertugas antara lain menjalankan fungsi pengelolaan fakultas secara keseluruhan, melaksanakan Tri Dharma perguruan tinggi yaitu penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada kepada masyarakat, membina sivitas akademika (dosen & mahasiswa) serta membina hubungan dengan alumni, baik dilingkungan fakultas, universitas dan masyarakat. Dekan diangkat/diberhentikan oleh Rektor untuk masa jabatan 5 tahun, setelah melalui proses pemilihan yang diadakan khusus dalam suatu rapat terbuka Majelis. Berikut ini adalah susunan Pimpinan Fakultas Kedokteran UIN Syarif Hidayatullah Jakarta periode 2019-2023: