Pimpinan Program Studi adalah Ketua Program Studi (Kaprodi) dan para Sekretaris Program Studi, bertugas antara lain menjalankan fungsi pengelolaan program studi secara keseluruhan, melaksanakan Tri Dharma perguruan tinggi yaitu penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada kepada masyarakat, membina sivitas akademika (dosen & mahasiswa) serta membina hubungan dengan alumni, baik dilingkungan program studi, fakultas, universitas dan masyarakat. Kaprodi diangkat/diberhentikan oleh Rektor untuk masa jabatan 5 tahun, setelah melalui proses pemilihan yang diadakan khusus dalam suatu rapat terbuka Majelis. Berikut ini adalah susunan Pimpinan Program Studi Fakultas Kedokteran UIN Syarif Hidayatullah Jakarta periode 2015-2019: