Berikut ini disajikan berbagai program kerja strategis untuk masing-masing perspektif peta strategi yang perlu dilakukan oleh FK UIN Syarif Hidayatullah untuk periode tahun 2022-2026:

1. Lulusan Dokter yang Berdaya Saing dengan Tata Nilai Keislaman
2. Inovasi dan Kerjasama Internasional
3. Kolaborasi dan Kerjasama dengan RS Jejaring
4. Pengembangan Lembaga melalui Pendirian Program Studi S2/S3 dan Spesialis
5. Peningkatan Mutu dan Kinerja Tata Kelola Manajemen Fakultas Kedokteran
6. Sumber Daya Manusia (SDM) yang Berkualitas
7. ICT (Information and Communication Technology) Terintegrasi
8. Pemenuhan Sarana Prasarana
9. Peningkatan dana pengembangan institusi
10. Optimalisasi Unit Ventura