2002

Pada 30 Desember 2002, Senat UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mengajukan rekomendasi pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK). Rencana ini dipelopori oleh tokoh-tokoh besar termasuk Prof. dr. M.K. Tadjudin (Alm) sebagai ketua tim penyusun proposal.

2004 - 2005

12 Maret 2004: FKIK resmi berdiri. Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) menyusul berdasarkan SK Dirjen Dikti No 1356/D/T/2005 pada Mei 2005.

2015

Rektor menetapkan Tim Pembentukan Fakultas Kedokteran mandiri yang diketuai oleh dr. Hari Hendarto, Ph.D, SpPD-KEMD untuk memenuhi amanah UU No. 20 Tahun 2013 tentang Pendidikan Kedokteran.

Dokumen Naskah Akademik pemekaran diserahkan dan mendapat rekomendasi dari Senat Universitas pada Desember 2015.

2016 - 2017

Proses administrasi berlanjut di Kementerian Agama dan Kemenpan-RB. Tim melakukan berbagai audiensi strategis untuk mempercepat perubahan Organisasi dan Tata Kerja Universitas demi lahirnya fakultas baru.

2018

15 Januari 2018: Terbit PMA No. 1 Tahun 2018 yang meresmikan pemisahan Fakultas Kedokteran secara mandiri.

Pada 27 Februari 2018, dr. Hari Hendarto resmi dilantik sebagai Dekan pertama. Kini, FK mandiri mengelola dua program studi utama: Kedokteran dan Pendidikan Profesi Dokter.