2022. Pada tanggal 30 Desember 2002, sidang Senat UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mengajukan rekomendasi pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK). Penyusunan proposal empat Program Studi yang bernaung di bawah FKIK mulai dirintis, yaitu Program Studi Pendidikan Dokter, Kesehatan Masyarakat, Farmasi, dan Ilmu Keperawatan. Para perintis yang ikut dalam rencana pembukaan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta adalah Prof. Dr. Sularto (Alm), Prof. Dr. Achmad Sofyan, Dr. Utarini, Prof. dr. M.K. Tadjudin (Alm), dr. Arlis Sularto, Prof. Dr. Azyumardi Azra, MA., Prof. Dr. Suwito, MA., Prof. Dr. Abuddin Nata, MA., Prof. Dr. Does Sampoerno, Drs. H. Achmad Gholib, M.A., Drs. H. Abdul Shomad, dr. Jauhari dan lain-lain. Tim penyusun proposal pendirian FKIK diketuai oleh Prof. dr. M.K. Tadjudin, Sp.And. (Alm) dari Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia yang juga sekaligus berperan sebagai Fakultas Pembina.

2004. Pada 12 Maret 2004, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menambah satu fakultas yaitu FKIK. Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) berdiri atas dasar Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI (Dirjen Dikti) No 1356/D/T/2005 tertanggal 10 Mei 2005 dan Dirjen Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI No DJII/123/2005 tertanggal 17 Mei 2005. Perpanjangan program studi juga telah dilakukan dengan adanya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama Republik Indonesia No Dj.I/410/2007 yang diterbitkan dengan memperhatikan surat rekomendasi Dirjen Dikti No 2757/D/T/2007 tertanggal 14 September 2007. PSPD telah memiliki akreditasi BAN-PT dengan hasil akreditasi C sejak tahun 2010 dan akreditasi B sejak tahun 2013.

2015. Pada 29 April 2015, Rektor menetapkan Tim Pembentukan Fakultas Kedokteran UIN Syarif Hidayatullah Jakarta melalui SK Rektor Nomor 320 Tahun 2015. Tim diketuai oleh dr. Hari Hendarto, Ph.D, SpPD-KEMD, dan beranggotakan 7 orang dosen pendidikan dokter, yaitu dr. Femmy Nurul Akbar, SpPD-KGEH, dr. Fika Ekayanti, DKK, M.Med.Ed, dr. Achmad Zaki, M.Epid, SpOT, dr. Risahmawati, Dr.MedSc, dr. Flori Ratna Sari, Ph.D, dr. Mukhtar Ikhsan, SpP(K), dan drg. Laifa Hendarmin, Ph.D. Tim ini dibentuk dalam rangka pemekaran FKIK menjadi Fakultas Kedokteran (FK) dan Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES). Pemekaran Fakultas dilakukan dengan pertimbangan adanya amanah Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2013 tentang Pendidikan Kedokteran pasal 6 mengenai kewajiban membentuk Fakultas Kedokteran selambat-lambatnya 5 tahun sejak UU diundangkan (maksimal 6 Agustus 2018), serta Peraturan Konsil Kedokteran Indonesia No. 10 Tahun 2012 tentang Standar Pendidikan Profesi Dokter Indonesia, sehingga Program Studi Kedokteran dan Profesi Dokter mutlak untuk mengembangkan diri dari program studi menjadi Fakultas.

Tim melakukan audiensi pertama kali kepada Dirjen Kelembagaan Dikti di tahun 2015, yang menyatakan UIN sebagai satuan kerja di bawah Kementerian Agama tidak membutuhkan rekomendasi Dikti, namun rekomendari dibutuhkan langsung dari Kementerian Agama kepada Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi agar memperoleh persetujuan perubahan Organisasi dan Tata Kerja Universitas dengan adanya penambahan Fakultas baru. Selanjutnya, Naskah Akademik pemekaran FKIK menjadi Fakultas Kedokteran dan Fakultas Ilmu Kesehatan disusun.

Pada bulan Juni 2015, dokumen Naskah Akademik pembentukan Fakultas Kedokteran beserta lampiran kelengkapannya diserahkan oleh tim kepada Universitas. Proses di Universitas berjalan selama 6 bulan karena selain FK, beberapa program studi lainnya juga diajukan pemekarannya menjadi fakultas tersendiri. Pada bulan Desember 2015, Senat Universitas mengeluarkan rekomendasi sebagai dasar pengajuan kepada Kementerian Agama untuk perubahan organisasi tata kerja untuk beberapa fakultas baru.

2016. Proses di Kementerian Agama cukup panjang. Setelah 8 bulan berproses, pada tanggal 10 Agustus 2016, Rektor bersama tim Pembentukan Fakultas Kedokteran melakukan pertemuan dengan Kabiro Kelembagaan Kemenag untuk mempercepat pengajuan proses ke Kemenpan.

Pada 28 September 2016, dokumen telah masuk di Kemenpan dan setelah kelengkapan dokumen terpenuhi, proses di Kemenpan baru mulai berjalan pada akhir Desember 2016. Pada tanggal 30 Mei 2017, tim pembentukan FK melakukan audiensi dengan Menteri PAN-RB untuk menyampaikan pentingnya pemisahan Fakultas menjadi Fakultas Kedokteran bagi UIN Jakarta.

2017. Tim pemisahan masih terus mengikuti proses pemisahan Fakultas tersebut dengan melakukan audiensi dengan Sekjen Kementerian Agama, Prof. Nursyam pada tanggal 18 September 2017. Setelah itu, terdapat beberapa kali pertemuan pembahasan pembentukan FK di Kementerian Agama antara Rektorat dan FKIK sekitar bulan November-Desember 2017.

2018. Pada tanggal 15 Januari 2018, diterbitkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 1 Tahun 2018 oleh Menteri Agama tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Menteri Agama Nomor 6 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan pemisahan Fakultas Kedokteran dan Fakultas Ilmu Kesehatan.

Pada tanggal 27 Februari 2018, dr. Hari Hendarto, Ph.D, SpPD-KEMD dilantik sebagai dekan Fakultas Kedokteran UIN Syarif Hidayatullah dan mulai bertugas sejak 1 Maret 2018. Perangkat struktural lainnya mulai bertugas sejak 1 April 2018. Sejak itu, Fakultas Kedokteran mulai mandiri dan terdiri dari 2 program studi, yaitu Program Studi Kedokteran dan Program Studi Pendidikan Profesi Dokter.