Visi :
"Menjadi Fakultas Kedokteran Bereputasi Internasional dengan Keunggulan Integrasi Kedokteran dan Keislaman dalam Pendidikan, Penelitian dan Pengabdian Masyarakat"

Misi :

1. Menyediakan akses pendidikan kedokteran yang berkualitas bagi masyarakat luas secara berkeadilan
2. Meningkatkan riset yang berbasis integrasi kedokteran dan keislaman yang bermutu dan unggul
3. Menghasilkan penelitian yang dapat dimanfaatkan sebagai bentuk kegiatan pengabdian dan pelayanan dalam rangka meningkatkan kualitas hidup masyarakat
4. Membangun kepercayaan dan mengembangkan kerjasama dengan lembaga nasional, regional maupun internasional

Tata Nilai :
Tata nilai FK UIN Syarif Hidayatullah tercermin dari IQRA (Integrative, Qualified, Research in Academic Culture)